3.10. Script 10: Ethnicity¶

Parameters are calculated for the transmission of the ethnicity variable from mother to child and the ethnicity distribution of immigrants by age and sex.
3.10.1. File output¶

The code below generates 2 model parameters stored in a Modgen .dat file
Ethnic transmission from mother to child by sex of child and mothers ethnicity
Ethnicity distribution of immigrants by sex and desdination district
3.10.2. Code¶

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#  DYNAMIS-POP Parameter Generation File 10 - Ethnicity
#  This file is generic and works for all country contexts. 
#  Input file: globals_for_analysis.RData (To generate such a file run the setup script)
#  Last Update: Martin Spielauer 2018-06-29
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# Clear work space, load required packages and the input object file
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rm(list=ls())

library(haven)
library(dplyr)
library(data.table)
library(sp) 
library(maptools)
library(survival)
library(fmsb)
library(eha)

load(file="globals_for_analysis.RData")

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# PARAMETER 1 : TRANSMISSION
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dat <-  as.data.table(g_residents_dat)

# Set Parameter Output File

parafile <- file(g_para_ethnicity, "w")

# remove irrelevant records

dat$i_age <- as.integer(dat$M_AGE)

dat <- dat[!(dat$M_MALE==1 & dat$i_age>0),]
dat <- dat[!(dat$M_BIR12==0 & dat$i_age>0),]

dat$M_HHID <- as.character(dat$M_HHID)

# only two with same hh id
dat[,hhsize:=.N,by=M_HHID]
dat <- dat[dat$hhsize==2]

dat$is_mother <- FALSE
dat$is_mother[dat$i_age > 0] <- TRUE

dat[,ethnomo:=M_ETHNO[which(is_mother==TRUE)],by=M_HHID]
dat <- dat[dat$i_age==0,]
dat <- dat[!is.na(ethnomo)] #exclude hh of only to babies

# Keep only what's needed
dat <- dat[,c("M_WEIGHT", "M_MALE", "M_ETHNO", "ethnomo" )]

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# Calculate the parameter cumrate EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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popmig <- dat
popmig$M_WEIGHT   <- as.double(popmig$M_WEIGHT)
popmig$M_MALE     <- as.integer(popmig$M_MALE)
popmig$M_ETHNO    <- as.integer(popmig$M_ETHNO)
popmig$ethnomo    <- as.integer(popmig$ethnomo)

popmig <- xtabs(popmig$M_WEIGHT ~ popmig$M_MALE + popmig$ethnomo + popmig$M_ETHNO)
popmig <- as.data.frame(popmig)

popmig$groupsum  <- ave(popmig$Freq, popmig$popmig.M_MALE, popmig$popmig.ethnomo,FUN=sum)
popmig$paravalue <- popmig$Freq / popmig$groupsum
popmig           <- popmig[order(popmig$popmig.M_MALE, popmig$popmig.ethnomo),]

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# Write the parameter EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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cat("parameters { \n  //EN Transmission of ethnicity\ncumrate EthnicTransmission[SEX][ETHNICITY][ETHNICITY] = {\n", file=parafile)
cat(format(round(popmig$paravalue,10),scientific=FALSE), file=parafile, sep=", ", append=TRUE)
cat("\n}; \n\n", file=parafile, append=TRUE) 

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# PARAMETER 2 : IMMIGRANTS
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dat <- as.data.table(g_residents_dat)

n_abroad = max(dat$M_DOB)

# Add an integer variable for age a year ago

dat$m_ageago <- as.integer(dat$M_AGE)-1
dat$M_ETHNO  <- as.integer(dat$M_ETHNO)
dat$M_DOR    <- as.integer(dat$M_DOR)

# remove those not born a year ago 

dat <- dat[!(dat$m_ageago<0),]

# Remove those in the country 12 months ago (previous district was <75)

dat <- dat[dat$M_PDIST==n_abroad,]

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# Create and append a dataset of all possible immigrations for each age 
# This is to avoid empty cells in matrices
# The records have very low weights which do not affect overall immigration
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umale  <- unique(dat$M_MALE)
udist  <- 0:(n_abroad-1)
uethno <- unique(dat$M_ETHNO)

# Keep only what's needed
dat <- dat[,c("M_WEIGHT", "M_MALE", "M_DOR", "M_ETHNO" )]

allmigs <- expand.grid(M_MALE=umale, M_DOR=udist, M_ETHNO=uethno)
allmigs$M_WEIGHT <- 0.0000001
dat <- rbind(dat, allmigs)

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# Calculate the parameter EthnicityImmigrants[SEX][AGE5_PART][DISTRICT_NAT][ETHNICITY]            
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dat$M_WEIGHT <- as.numeric(dat$M_WEIGHT)

immidest            <- as.data.frame(xtabs(dat$M_WEIGHT ~ dat$M_MALE + dat$M_DOR + dat$M_ETHNO))
immidest$groupsum   <- ave(immidest$Freq, immidest$dat.M_MALE, immidest$dat.M_DOR, FUN=sum)
immidest$paravalue  <- immidest$Freq / immidest$groupsum
immidest            <- immidest[order(immidest$dat.M_MALE, immidest$dat.M_DOR, immidest$dat.M_ETHNO),]

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# Write the parameter EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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cat("\n\n//EN Ethnicity of immigrants\ncumrate EthnicityImmigrants[SEX][DISTRICT_NAT][ETHNICITY] = {\n", file=parafile, append=TRUE)
cat(format(round(immidest$paravalue,10),scientific=FALSE), file=parafile, sep=", ", append=TRUE)
cat("\n  }; \n};\n", file=parafile, append=TRUE) 

close(parafile)