# Script 10: Ethnicity

>  Parameters are calculated for the transmission of the ethnicity variable from mother to child and the ethnicity distribution of immigrants by age and sex.

## File output

The code below generates 2 model parameters stored in a Modgen .dat file

- Ethnic transmission from mother to child by sex of child and mothers ethnicity
- Ethnicity distribution of immigrants by sex and desdination district 

## Code

```{r, message=FALSE, warning=FALSE}
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#  DYNAMIS-POP Parameter Generation File 10 - Ethnicity
#  This file is generic and works for all country contexts. 
#  Input file: globals_for_analysis.RData (To generate such a file run the setup script)
#  Last Update: Martin Spielauer 2018-06-29
#
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# Clear work space, load required packages and the input object file
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rm(list=ls())

library(haven)
library(dplyr)
library(data.table)
library(sp) 
library(maptools)
library(survival)
library(fmsb)
library(eha)

load(file="globals_for_analysis.RData")

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# PARAMETER 1 : TRANSMISSION
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dat <-  as.data.table(g_residents_dat)

# Set Parameter Output File

parafile <- file(g_para_ethnicity, "w")

# remove irrelevant records

dat$i_age <- as.integer(dat$M_AGE)

dat <- dat[!(dat$M_MALE==1 & dat$i_age>0),]
dat <- dat[!(dat$M_BIR12==0 & dat$i_age>0),]

dat$M_HHID <- as.character(dat$M_HHID)

# only two with same hh id
dat[,hhsize:=.N,by=M_HHID]
dat <- dat[dat$hhsize==2]

dat$is_mother <- FALSE
dat$is_mother[dat$i_age > 0] <- TRUE

dat[,ethnomo:=M_ETHNO[which(is_mother==TRUE)],by=M_HHID]
dat <- dat[dat$i_age==0,]
dat <- dat[!is.na(ethnomo)] #exclude hh of only to babies

# Keep only what's needed
dat <- dat[,c("M_WEIGHT", "M_MALE", "M_ETHNO", "ethnomo" )]

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# Calculate the parameter cumrate EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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popmig <- dat
popmig$M_WEIGHT   <- as.double(popmig$M_WEIGHT)
popmig$M_MALE     <- as.integer(popmig$M_MALE)
popmig$M_ETHNO    <- as.integer(popmig$M_ETHNO)
popmig$ethnomo    <- as.integer(popmig$ethnomo)

popmig <- xtabs(popmig$M_WEIGHT ~ popmig$M_MALE + popmig$ethnomo + popmig$M_ETHNO)
popmig <- as.data.frame(popmig)

popmig$groupsum  <- ave(popmig$Freq, popmig$popmig.M_MALE, popmig$popmig.ethnomo,FUN=sum)
popmig$paravalue <- popmig$Freq / popmig$groupsum
popmig           <- popmig[order(popmig$popmig.M_MALE, popmig$popmig.ethnomo),]

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# Write the parameter EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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cat("parameters { \n  //EN Transmission of ethnicity\ncumrate EthnicTransmission[SEX][ETHNICITY][ETHNICITY] = {\n", file=parafile)
cat(format(round(popmig$paravalue,10),scientific=FALSE), file=parafile, sep=", ", append=TRUE)
cat("\n}; \n\n", file=parafile, append=TRUE) 

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# PARAMETER 2 : IMMIGRANTS
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dat <- as.data.table(g_residents_dat)

n_abroad = max(dat$M_DOB)

# Add an integer variable for age a year ago

dat$m_ageago <- as.integer(dat$M_AGE)-1
dat$M_ETHNO  <- as.integer(dat$M_ETHNO)
dat$M_DOR    <- as.integer(dat$M_DOR)

# remove those not born a year ago 

dat <- dat[!(dat$m_ageago<0),]

# Remove those in the country 12 months ago (previous district was <75)

dat <- dat[dat$M_PDIST==n_abroad,]

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# Create and append a dataset of all possible immigrations for each age 
# This is to avoid empty cells in matrices
# The records have very low weights which do not affect overall immigration
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umale  <- unique(dat$M_MALE)
udist  <- 0:(n_abroad-1)
uethno <- unique(dat$M_ETHNO)

# Keep only what's needed
dat <- dat[,c("M_WEIGHT", "M_MALE", "M_DOR", "M_ETHNO" )]

allmigs <- expand.grid(M_MALE=umale, M_DOR=udist, M_ETHNO=uethno)
allmigs$M_WEIGHT <- 0.0000001
dat <- rbind(dat, allmigs)

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# Calculate the parameter EthnicityImmigrants[SEX][AGE5_PART][DISTRICT_NAT][ETHNICITY]            
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dat$M_WEIGHT <- as.numeric(dat$M_WEIGHT)

immidest            <- as.data.frame(xtabs(dat$M_WEIGHT ~ dat$M_MALE + dat$M_DOR + dat$M_ETHNO))
immidest$groupsum   <- ave(immidest$Freq, immidest$dat.M_MALE, immidest$dat.M_DOR, FUN=sum)
immidest$paravalue  <- immidest$Freq / immidest$groupsum
immidest            <- immidest[order(immidest$dat.M_MALE, immidest$dat.M_DOR, immidest$dat.M_ETHNO),]

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# Write the parameter EthnicTransmission[ETHNICITY][ETHNICITY]
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cat("\n\n//EN Ethnicity of immigrants\ncumrate EthnicityImmigrants[SEX][DISTRICT_NAT][ETHNICITY] = {\n", file=parafile, append=TRUE)
cat(format(round(immidest$paravalue,10),scientific=FALSE), file=parafile, sep=", ", append=TRUE)
cat("\n  }; \n};\n", file=parafile, append=TRUE) 

close(parafile)
```